Noé et Lisa, les Bionautes, se rendent vers le pôle Sud pour venir en aide à des baleines menacées par l'équipage d'un navire japonais, qui a la ferme intention de les tuer pour les vendre. Grâce à leur pouvoir de métamorphose, les enfants prennent l'apparence des cétacés pour lutter contre les braconniers en compagnie du capitaine Watson et du professeur Groscerveau.